解決しました。アドバイスありがとうございました！
前回、色々と試して結局うまくいかなかったのですが、問題はデータベース上にあったようです。SQLの中にeip_m_inactive_applicationという、ポートレットの無効化をするテーブルがあったのですが、そこでToDoが指定されていました。オープンソース版は画面から外せないようでしたので、該当するレコードをSQL上で削除して解決しました。もっと早く聞くべきでした・・・・・・(161012)
アプリ選択欄、画面から複数のアプリが消えてしまったので、原因を調べるためにいくつかテストをしてみました。まず、取り組んでいるチケットに原因があるのかどうかを調べるために、masterや前回取り組んでいたチケットに切り替えてmvn clean, installしてTomcatをやり直してみました。
解決した場合、現在のチケットがおかしいと思われるので、（例えば、xregファイルをごっそり読み落としているとか、変な変更を加えてしまったとか）その場合はcompareしながら書き直す、あるいは新しいチケットにしてしまうことを考えました。
一方で解決しない場合、チケットの中身の問題ではないと思われます。仮にmasterに問題があれば他のチケットでも問題が起きますが、起きていないのでmasterやチケットの問題ではない、という考えです。
結果としてmasterや他のチケットに変えても解決しなかったので、他の部分との兼ね合いで問題が起きているのかと考えています。日を改めて更新します。(161005)
アドバイスありがとうございました！
