かなり個人的なメモ書きみたいですが .ブロック名[] をつなげていくことでどんどん階層を下げることができます
jq '.Reservations[].Instances[] ' | select (.hogehoge)
はReservationブロック内のInstancesブロックの一覧を表します
あとは select かなんかで絞りたい文字列とかを指定してあげればその文字列にマッチしたインスタンスのブロックを表示します。
select内で階層を下げることもできます
取得したい情報の階層まで パイプで繋いで select で絞り込んでマッチした文字列の前の階層の情報を取得する感じです