以下の様な感じでregion、apiVersionを指定することができます。
aws.config.update({ region: 'ap-northeast-1' }); var dynamodb = new aws.DynamoDB({apiVersion: '2012-08-10', region: 'ap-northeast-1'}); var sqs = new aws.SQS({apiVersion: '2012-11-05', region: 'ap-northeast-1'});
常に最新のapiVersionにするにはlatestにするといいようです。
var ec2 = new AWS.EC2({apiVersion: 'latest'});
参考
http://docs.aws.amazon.com/AWSJavaScriptSDK/guide/node-configuring.html
http://docs.aws.amazon.com/AWSJavaScriptSDK/guide/node-services.html