Eclipse起動時に使用するワークスペースを選択しますが、Use this as the default and do not ask againにチェックを入れると選択したワークスペースがデフォルトになり、以降起動時に選択スキップします。
もしこのワークスペースが何らかの原因で壊れてしまった場合、壊れたワークスペースを開こうとして失敗し、以降の操作ができなくなります。
このような場合はEclipseのショートカットの「リンク先」の項目を
<eclipse.exeのアドレス> -data <代わりのワークスペースのアドレス>
に変更することで使用するワークスペースを変更できます。
この方法を応用することでワークスペースごとにEclipseのショートカットを作成することも出来ます。