Velocityのテンプレートファイル内でユーザーエージェントによる分岐を行うには、javaファイル内で変数をセットする必要があります。
一般には、HttpServletRequestインターフェースを利用して、
$request.getHeader("User-Agent")
などとテンプレートファイル内で呼び出すことが多いようです。
Aipoの場合では、例えば「FileuploadYoutubeViewScreen.java」のdoOutputメソッドで
boolean isAndroid = ALEipUtils.isAndroidBrowser(rundata); context.put("android", isAndroid);
のようにAndroidかどうかのboolean型の変数をセットしています。
そうすると、テンプレートファイルで次のようにユーザーエージェントによる条件分岐を使えるようになります。
#if(!$android)<div>ブラウザはAndroidです</div>#end