UPGRADINGPRODUCTCODEをプロパティとして指定するといいようです。
<InstallExecuteSequence> <Custom Action=' ... ' After=' ... '>UPGRADINGPRODUCTCODE</Custom> </InstallExecuteSequence>
http://wix-tutorial-ja.github.io/ch04/02-replacing-ourselves.html
その他の方法としては NEWERVERSIONDETECTED を使う方法もあるようです。
http://cml.s10.xrea.com/ej/WiX/wixexitearlywithsuccess.htm