今までシンプルにmasterからマージすることはあったものの 今回かなり競合するところがあったので、メモとして残しておきます。
ブランチ上を右クリックで選択して「チーム」→「マージ」でマージ元のブランチを選択します。
マージすると競合しているところが赤い印で表してくれるので修正があれば修正を。 無ければそのままaddします。 Eclipseでaddのやり方は、「チーム」→「索引の追加」でそのファイルをaddすることができます。 ただし、addするのは新しく追加されたファイルのみなので注意。
その後は普通にコミット&プッシュで大丈夫です。