例えばテスト環境と本番環境でTomcatの設定を切り替えておいてアプリケーションの動作を変える方法です。
Tomcatの設定CATALINA_OPTSあたりに以下みたいな感じでプロパティを渡します。プロパティはJavaの標準の他のプロパティと名前がかぶるのが嫌なので、パッケージ名とかに合わせておくといいんじゃないかと思います。
CATALINA_OPTS="-Dcom.hoge.property=true"
Java側で読みだして判定します。
String string = System.getProperty("com.hoge.property"); if (string != null && "true".equals(string)) { //ここに処理を書く }
ちなみにgetenvとgetPropertyの違いはこちら
http://stackoverflow.com/questions/13112038/difference-between-system-getenv-system-getproperty