Date型のdateがあったとして、次のように日付を操作することができます。
Calendar cal = Calendar.getInstance();//現在時刻のカレンダーを作成 cal.setTime(date);//カレンダーをdateと同じ時間に設定 cal = DateUtils.truncate(cal, Calendar.DAY_OF_MONTH);// 時分秒を切り捨てる cal.add(Calendar.DATE, 1);// 一日進める cal.add(Calendar.MINUTE, -1);// 一分戻す cal.set(Calendar.SECOND, 59);//59秒に設定 date = cal.getTime();//dateを更新(23:59:59)