Homebrewでインストールしていると /Applicationなどにシンボリックリンクが張られますが、その実態だけをリストアップして確認したい場合です。
cd /Applications ls -l --color=always | grep '^l'
参考
http://qiita.com/t_uda/items/5e853efb41758a6238fd
caskの方のアプリケーションが最新版にアップデートされないものも多く、Homebrewをオワコン感を多少感じています。
Apache,Tomcat,MySQLとかくらいをHomebrewで管理して、テキストエディタやブラウザなどの一般的なアプリケーションはApp Storeなどで管理したほうがいいかもしれません。。。