MySQLの場合に外部キーを設定すると自動的にインデックスも作成されるそうです。
ALTER TABLE `eip_t_hoge_file` ADD FOREIGN KEY ( `hoge_id` ) REFERENCES `eip_t_hoge` (`hoge_id`) ON DELETE CASCADE ;
そのため、上記の様な外部キーの設定を行った場合に
ALTER TABLE `eip_t_hoge_file` ADD INDEX (`hoge_id`);
のようなインデックスの作成をわざわざ行う必要はないようです。
http://stackoverflow.com/questions/11918798/mysql-incorrect-index-name-error-unique-foreign-key