大きな手順は以下に書いてあります。
https://help.github.com/articles/adding-and-editing-wiki-pages-locally/
どうやらwikiもバージョン管理されているようなので、ファイルを削除しても履歴として残っていて後から復旧もできるようです。
ただし制約として、ローカルではブランチを切れますが、Github上にプッシュする先は master のみになります。
git clone https://github.com/myrepo/myrepo.wiki.git cd myrepo.wiki/ git log #今までの編集のログが残っています。 git commit -m "comments" . git push