フレーム（frame）をまたいだモーダルウィンドウを出す

frameset でフレーム分割が行われているページでは frameset 自体が body のような扱いになり、 frameset の後に div タグなどを置いてもブラウザ側で無視されてしまいます。

そのためHTMLに一括で記述しておいてもモーダルは出せないのですが、ブラウザ側でDOM出力後にJavaScriptで追記すればOKです。

<script type="text/javascript">
$(function() {
  var modalHTML = '<div class="modal">モーダル</div>'
  $('html').append(modal);
});
</script>

モダンブラウザは当然対応。IEは8以降から対応してます。