デプロイするアプリケーションに以下のファイルをを配置すると、Java のコンテナに PREFIX = prod という環境変数を受け渡すことができるようになります。 value については Management Console でも変更可能。
.ebextenstions/00env.config
option_settings: - namespace: aws:elasticbeanstalk:application:environment option_name: PREFIX value: prod