AMI イメージ作成前に、以下のコマンドを実行することで、ログや履歴などを削除して綺麗にすることができます。
find /var/log -type f -regex ".*\-[0-9]+$" -delete;echo "" > /root/.bash_history;echo "" > /home/ec2-user/.bash_history;rm -rf /home/ec2-user/.ssh/known_hosts;rm -rf /root/.ssh/known_hosts;history -c;