WixでUpgradeVersionを指定することでアップグレード対象を制限することが可能です。
OnlyDetectオプション:インストール済のものを残す場合:yes、削除してごそっと入れなおす場合:no
<Upgrade Id="XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX"> <UpgradeVersion OnlyDetect="yes" Property="OLDFOUND" Minimum="1.0.0.0" IncludeMinimum="yes" Maximum="1.0.1.0" IncludeMaximum="no" /> <UpgradeVersion OnlyDetect="yes" Property="NEWERFOUND" Minimum="1.0.1.0" IncludeMinimum="yes" /> </Upgrade>