例によってGeoTrustのRapidSSLもOracleJava6には入っていません。
https://www.geotrust.co.jp/resources/repository/intermediate.html
【ラピッドSSL専用ワイルドカード専用】 中間CA証明書(三階層目)
を「geo_rapid.ca」としてテキストに保存して以下のコマンドでインポート
cd {jre_home}/lib/security keytool -import -trustcacerts -keystore cacerts -storepass changeit -alias rapidssl.ca -file geo_rapid.ca